Polska Komisja Akredytacyjna jest niezależną instytucją działającą na rzecz zapewniania i doskonalenia jakości kształcenia. Podstawowymi celami działań Komisji są: dbałość o spełnianie standardów jakościowych przyjętych dla szkolnictwa wyższego, nawiązujących do najlepszych wzorców obowiązujących w europejskiej i globalnej przestrzeni edukacyjnej, oraz wspieranie uczelni publicznych i niepublicznych w procesie doskonalenia jakości kształcenia, a także budowania kultury jakości. Działania te zmierzają do zapewnienia absolwentom polskich szkół wyższych wysokiej pozycji na krajowym i międzynarodowym rynku pracy, a także do zwiększenia konkurencyjności polskich uczelni jako instytucji europejskich.
Nadrzędną wartością, którą Polska Komisja Akredytacyjna kieruje się w swoich pracach, jest dobro społeczne, ponieważ jakość i efektywność kształcenia w istotny sposób przyczyniają się do rozwijania kapitału intelektualnego i budowania społeczeństwa obywatelskiego.
Polska Komisja Akredytacyjna realizuje swoją misję poprzez dokonywanie obligatoryjnych ocen programowych oraz formułowanie opinii o wnioskach dotyczących nadawania uprawnień do prowadzenia studiów. Troską Komisji jest to, by jej opinie i oceny oraz zalecenia i rekomendacje pozostawiały szerokie pole dla autonomicznych inicjatyw promujących innowacyjność procesu dydaktycznego oraz wysoką kulturę jakości kształcenia.
Polska Komisja Akredytacyjna działa w poczuciu odpowiedzialności za podejmowane decyzje, wpływające na rozwój szkolnictwa wyższego, budując swoją wiarygodność poprzez obiektywizm ocen i opinii, profesjonalizm podejmowanych działań, zachowanie zasady jawności i przejrzystości stosowanych procedur, precyzję argumentacji, przestrzeganie zasad etycznych oraz poszanowanie tradycji akademickich.
Polska Komisja Akredytacyjna uznaje za swoją powinność wszechstronną współpracę i dialog ze wszystkimi interesariuszami procesu kształcenia, w tym środowiskiem akademickim, kandydatami na studia, pracodawcami oraz organami państwa i administracji publicznej. Komisja podejmuje inicjatywy w zakresie takiej współpracy, także na arenie międzynarodowej, aktywnie współdziałając z innymi komisjami akredytacyjnymi oraz grupującymi je organizacjami międzynarodowymi przy realizacji procesu bolońskiego oraz budowie europejskiego obszaru szkolnictwa wyższego.